En épocas antiguas era el lugar del oráculo de Delfos, dentro de un templo dedicado al dios Apolo. Delfos era reverenciado en todo el mundo griego como el lugar del ónfalos o centro del universo.

La mitología dice que Delfos perteneció a diversos dioses antes de ser posesión de Apolo. Esquilo dice que perteneció a Gea, Temis; Pausanias dice que fue un oráculo de Poseidón y de Gea, que ésta dio su parte a Temis y Temis a Apolo, que más tarde obtuvo de Poseidón la otra parte a cambio de la isla de Calauria.

La leyenda de la fundación del templo se sabe por Homero, que dice que Apolo quería fundar un oráculo y llegó a Crisa, cerca del monte Parnaso, y le agradó el lugar y comenzó a construir el templo que se acabó bajo la dirección de dos hermanos, Trofonio y Agamedes. Apolo mató a las serpientes que infectaban el lugar y a un monstruo (la serpientre Pitón), y abrió el templo que fue llamado de Pitón, y su dios Pitón (Pytho). Apolo se convirtió en delfín para atraer a un barco cretense, del que quería utilizar a la gente como sacerdotes; los cretenses desembarcaron y fundaron Crisa y se les encargó ser sacerdotes del templo y que adorasen al dios bajo el nombre de Apolo Delfinio para rememorar su conversión en delfín, de donde vino el nombre de Delphi. Otra propuesta acerca del origen del topónimo de Delfos es la que propone que viene de Delfine (Δελφινης), que era el nombre del dragón mitológico que custodiaba el oráculo antes de la llegada de Apolo.

Crisa tenía el dominio sobre el santuario de Pitón y cuando el consejo de la Anfictionía comenzó a tener sus reuniones de primavera allí, conservó el dominio y se convirtió en guardiana del templo. Al lado del santuario se formó una ciudad que pronto reclamó administrar el templo sin intervención de Crisa; al mismo tiempo Cirra, el puerto de Crisa, se hizo más grande que la misma ciudad, la cual entró en decadencia, mientras Delfos y Cirra aumentaban. Hacia el 595 A.C., Crisa era ya, seguramente, una ciudad poco importante. Este año Cirra fue destruida por orden del consejo anfictiónico y la llanura de Cirra fue declarada sagrada y al servicio del templo. Desde entonces se celebraron unos juegos llamados Juegos Píticos (Pythis), que se hicieron bajo la dirección del consejo anfictiónico, cada cuatro años, siendo los primeros en 586 A.C.

En la llanura de Cirra se hacían exhibiciones de caballos de raza y otros animales y estaba el hipódromo y el estadio (este último fue trasladado más tarde a la ciudad de Delfos. Hacia esta época Delfos ya era una ciudad-estado independiente gobernada por magistrados naturales de la ciudad. La población de Delfos venía en gran parte de Lykoreia, una ciudad del Parnaso, dirigidos por Deucalión, supuesto jefe de la nobleza local. Cinco sacerdotes locales, llamados Hosioi, eran elegidos entre la descendencia de Deucalión y eran los jefes del oráculo y el templo. La ciudad de Lykoreia estaba en el sitio de la actual Liakura, y se supone que fue una ciudad dórica y que los habitantes de Delfos tenían este mismo origen (se sabe que hablaban dórico, y ciertamente no eran focidios). El gobierno de Delfos estaba en manos de las famílias nobles que además tenían el control del oráculo. Más tarde, entre los nobles se escogieron los magistrados y entre estos se escogía un rey, más tarde llamado Pritano (Prytanis). En los últimos tiempos aparecen unos arcontes y un senado.

El gobierno de Delfos era teocrático. El templo y su dios poseían extensos dominios de tierra que eran cultivados por esclavos del templo; además los sacerdotes recibían regalos de reyes y hombres ricos que iban a consultar el oráculo, y ofrecían sacrificios. La riqueza de la ciudad hizo decadentes a los ciudadanos. El oráculo se consultaba desde el siglo VIII A. C. y la fama se extendió rápidamente por las naciones vecinas; algunos reyes o personajes relevantes enviaban embajadas a preguntar el parecer del dios. Casi todas las colonias griegas fueron fundadas bajo la influencia del oráculo, y después Apolo era el patrón de las nuevas colonias. Giges de Lidia hizo importantes donaciones al templo, pero las más importantes donaciones fueron las de Creso. La (ciudad etrusca de Caere tenía un tesoro en Delfos. Incluso el último rey de Roma, Lucio Tarquinio el Soberbio, consultó el oráculo. En el 548 A.C., el templo fue destruido por el fuego. El consejo anfictiónico decidió reconstruirlo mucho más grande y magnificente. Delfos había de pagar el coste y el resto lo habían de pagar otras ciudades y reinos; el coste fue de 300 talentos y la ejecución fue encargada a la familia ateniense de los Alcmeónidas, que entonces vivían en el exilio. El arquitecto fue el corintio Espintaros. Gran parte fue hecha con mármol de Paros. En 480 A.C. los persas llegaron ante Delfos. Los ciudadanos huyeron al monte, pero el oráculo prohibió mover los tesoros del templo. Seis habitantes quedaron en Delfos para defender el templo. Cuando los persas avanzaban se sintió un trueno espectacular y cayeron unas piedras de la montaña y aplastaron a muchos persas; éstos, presas del pánico, huyeron y fueron perseguidos por dos guerreros de gran tamaño que los habitantes dijeron que eran los héroes Filacos y Autonoos, cuyos santuarios estaban cerca. En 373 A.C. fue destruida por un terremoto, pero fue reconstruida. En 357 A.C. los focidios fueron sentenciados por el consejo anfictiónico a pagar una gran multa por haber cultivado parte de la llanura sagrada de Cirra. El jefe focidio Filomelo, convenció a sus compatriotas para completar el supuesto sacrilegio ocupando el templo de Delfos; Filomelo, llevó a término la conquista y se apoderó de todos los tesoros. Eso originó la guerra sagrada. Primero, los focidios no querían utilizar los tesoros, pero después, bajo presión de tebanos y locrios, convirtieron los tesoros en dinero para pagar a los soldados. Filipo II de Macedonia, general del consejo anfictiónico, ganó la guerra y devolvió el templo a la anfictionía (346 A.C.), con los tesoros que quedaban. Los focidios fueron sentenciados a devolver los tesoros (unos 10 000 talentos) con pagos anuales, pero los focidios eran demasiado pobres para poder pagar una cantidad tan grande. Un nuevo terremoto lo volvió a dañar en 330 A.C. y fue reconstruido por los arquitectos Espintaro, Jenodoro y Agatón de Corinto. En 279 A.C., Delfos fue atacada por los (gálatas) dirigidos por Breno, tentado por las supuestas riquezas del templo (que ya no eran las mismas después del 346 A.C.), pero fue rechazado de manera sobrenatural como lo fueron antes los persas, al caer grandes rocas desde las montañas. En el siglo III A.C. recibió el patronazgo de los reyes de Pérgamo. Durante dicho siglo pasó al control de la Liga Etolia hasta que en 189 A.C. cayó en manos de Roma. Más tarde, en 86 A.C., fue saqueada por Sila, que también había saqueado Olimpia y Epidauro. En esta época ya era muy pobre. A mitad del siglo I fue saqueada per Nerón, que se llevó 500 estatuas de bronce, y le separó la llanura de Cirra, que repartió entre sus soldados, y abolió el oráculo. Pero Adriano, más tarde, lo restauró y volvió a tener cierto renombre y esplendor por un tiempo. En tiempos de Caracalla dejó de emitirse moneda en Delfos. Constantino el Grande se llevó algunas figuras para su nueva capital. Juliano el Apóstata aún consultó el oráculo, pero finalmente fue suprimido por Teodosio I el Grande en 385 D.C. al prohibir el culto pagano.